Azok a modulok, amelyek keresési funkcionalitást is nyújtanak, általában úgy vannak megírva, hogy az általuk létrehozott, módosított vagy törölt tartalmakat rögtön indexelésre várónak is jelölik, hogy az időzítő következő futtatásakor ezek indexelése is megtörténjen. Ekkor az adott tartalom régi bejegyzését kicseréli az újra. Vannak azonban olyan szerkezeti elemei a webhelynek, ahol ez az automatikus indexelésre-jelölés nem történik meg. Ilyenek például a taxonómia-kifejezések szerkesztése és törlése, olyan modulok ki- és bekapcsolása, amik vagy szöveges tartalmakat (például <em>Taxonomy</em>, <em>Comment</em>, stb.), vagy mezőket adnak hozzá a webhelyhez, illetve ilyen eset még a tartalomtípusok mezőin és azok megjelenítésének beállításain végzett módosítások is. Az előbb említett, vagy ahhoz hasonló változtatásokat követően javasolt a webhely teljes újraindexelését elindítani a <a href=":search-settings">Keresési oldalak</a> lap tetején található „Webhely újraindexelése” gombbal. Nagy mennyiségű tartalmat kezelő webhelyeken a teljes újraindexelés akár több időzítő-futtatás alatt fejeződik csak be teljesen.